Genetic diversity analysis of Houttuynia cordata Thunb. based on SSR and ISSR markers

序号	编号	采样地点	采样时间	经纬度	样本数
1	DY	湖北省当阳市两河镇长坂坡1号鱼腥草	2024⁃08⁃01	30°41'51.62"N，111°55'55.52"E	14
2	CD	四川省成都市新津区鱼腥草	2024⁃06⁃16	30°24'58.89"N，103°49'2.77"E	14
3	HS	安徽省黄山市歙县鱼腥草	2024⁃10⁃22	29°59'59.93"N，118°19'44.27"E	14
4	MY	四川省绵阳市安州区鱼腥草	2024⁃10⁃22	31°32'26.71"N，104°34'24.80"E	14
5	JY	广东省揭阳市揭东区鱼腥草	2024⁃10⁃21	23°34'20.92"N，116°25'6.44"E	14
6	TN	福建省三明市泰宁县鱼腥草	2024⁃10⁃22	26°54'20.35"N，117°10'57.35"E	14
7	GH	四川省德阳市广汉市鱼腥草	2024⁃10⁃23	30°58'56.69"N，104°17'18.31"E	14
8	CZ	江苏省常州市钟楼区鱼腥草	2024⁃10⁃24	31°46'51.63"N，119°55'0.98"E	14
9	LZ	贵州省六盘水市六枝特区鱼腥草	2024⁃10⁃29	26°12'53.54"N，105°30'29.59"E	14
10	MM	广东省茂名市高州市鱼腥草	2024⁃10⁃28	21°57'2.40"N，110°52'4.62"E	14

Table 2. Tabel 2Information of SSR primers used in this study

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Table 2. Tabel 2Information of SSR primers used in this study

编号	引物	序列（5'-3'）	退火温度/℃	条带数	多态性条带数	多态性条带百分比/%
1	Y6F⁃8⁃F	CAT GGT CTC CCT TCG CTA CG	58	10	10	100.00
1	Y6F⁃8⁃R	AGG AGA GAA TTT GAG GCG GG	58	10	10	100.00
2	Y6F⁃14⁃F	TCC ATC CCG AAT GTC AAC CC	52	11	11	100.00
2	Y6F⁃14⁃R	GTT GAT ACC GGG GTT CCA GC	52	11	11	100.00
3	Y6F⁃15⁃F	TCC CGC AGT GTC TTT TCC C	58	13	13	100.00
3	Y6F⁃15⁃R	GAA CTT TGC CAG CTG ACA GG	58	13	13	100.00
4	Y6F⁃25⁃F	AAT TTC TGA CAG CCT GCC CG	54	9	9	100.00
4	Y6F⁃25⁃R	AGA AAA AGT GGG TCT GCG GG	54	9	9	100.00
5	Y6F⁃27⁃F	AGC TGA TCC GCC ATT TCT CC	54	11	11	100.00
5	Y6F⁃27⁃R	TTT CCC CTT CTT TCG AGC CG	54	11	11	100.00
6	Y6F⁃34⁃F	CGA TCT CTT TTG GCG CTT CC	58	15	15	100.00
6	Y6F⁃34⁃R	GGA CGA ACA TGT TTC TGA GAG G	58	15	15	100.00
平均				11.50	11.50	100.00
总计				69	69

Table 3. Tabel 3Information of ISSR primers used in this study

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Table 3. Tabel 3Information of ISSR primers used in this study

编号	引物	序列（5'-3'）	退火温度/℃	条带数	多态性条带数	多态性条带百分比/%
1	UBC⁃807	AGA GAG AGA GAG AGA GT	48	19	19	100.00
2	UBC⁃812	GAG AGA GAG AGA GAG AA	48	19	18	94.74
3	UBC⁃813	CTC TCT CTC TCT CTC TT	48	7	6	85.71
4	UBC⁃822	TCT CTC TCT CTC TCT CA	48	9	8	88.89
5	UBC⁃835	AGA GAG AGA GAG AGA GYC	50	23	22	95.65
6	UBC⁃844	CTC TCT CTC TCT CTC TRC	50	15	15	100.00
7	UBC⁃868	GAA GAA GAA GAA GAA GAA	46	11	11	100.00
平均				14.71	14.14	95.00
总计				103	99

Table 4. Tabel 4Genetic diversity of Houttuynia cordata

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Table 4. Tabel 4Genetic diversity of Houttuynia cordata

分子标记	引物数	多态位点数	PPL/%	N_a（±SD）	N_e （±SD）	H（±SD）	I（± SD）
SSR	6对	65	94.20	1.942 0(±0.235 4)	1.626 9(±0.335 9)	0.354 6(±0.153 6)	0.522 4(±0.197 2)
ISSR	7个	96	93.20	1.932 0(±0.252 9)	1.633 6(±0.318 2)	0.359 8(±0.148 3)	0.528 4(±0.194 9)
SSR+ISSR	13	161	93.60	1.936 0(±0.245 4)	1.630 9(±0.324 5)	0.357 7(±0.150 0)	0.526 0(±0.195 2)

Table 5. Table 5Statistics for genetic differentiation among populations of Houttuynia cordata

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Table 5. Table 5Statistics for genetic differentiation among populations of Houttuynia cordata

分子标记	样本数量	H_T（±SD）	H_S（±SD）	G_ST	N_m
SSR	140	0.354 6(±0.023 6)	0.017 4(±0.000 6)	0.950 8	0.025 9
ISSR	140	0.359 8(±0.022 0)	0.039 5(±0.002 1)	0.890 3	0.061 6
SSR+ISSR	140	0.357 7(±0.022 5)	0.030 6(±0.001 6)	0.914 4	0.046 8

Table 6. Table 6Analysis of molecular variance （AMOVA） within and among Houttuynia. cordata populations

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Table 6. Table 6Analysis of molecular variance （AMOVA） within and among Houttuynia. cordata populations

分子标记类型	变异来源	自由度（df）	离均差平方和（SS）	均方（MS）	估计的方差组分	变异系数/%	群体间遗传分化指数（F_ST）	零假设概率（P）
SSR	居群间	9	781.586	86.843	6.168	93	0.926	0.001
	居群内	130	64.429	0.496	0.496	7
	总计	139	846.014		6.663	100
ISSR	居群间	9	1 168.521	129.836	9.196	89	0.894	0.001
	居群内	130	141.357	1.087	1.087	11
	总计	139	1 309.879		10.284	100
SSR+ISSR	居群间	9	2 532.793	281.421	19.979	92	0.921	0.001 0
	居群内	130	222.786	1.714	1.714	8
	总计	139	2 755.579		21.693	100

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Wentao Xiao, Bin Wang, Sai Yang, Xianting Dong, Yanli Liu, Shan Yan, Fanghua Wu, Shoulei Yan, Ying Diao, Zhongli Hu. Genetic diversity analysis of Houttuynia cordata Thunb. based on SSR and ISSR markers[J]. Biotic Resources, 2025, 47(3): 259

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Paper Information

Category:

Received: Mar. 15, 2025

Accepted: Jun. 9, 2025

Published Online: Jul. 28, 2025

The Author Email:

DOI:10.14188/j.ajsh.20250315001

Topics

Table 1. Table 1Sampling information of <i>Houttuynia cordata</i>

Table 1. Table 1Sampling information of <i>Houttuynia cordata</i>

Table 2. Tabel 2Information of SSR primers used in this study

Table 2. Tabel 2Information of SSR primers used in this study

Table 3. Tabel 3Information of ISSR primers used in this study

Table 3. Tabel 3Information of ISSR primers used in this study

Table 4. Tabel 4Genetic diversity of <i>Houttuynia cordata</i>

Table 4. Tabel 4Genetic diversity of <i>Houttuynia cordata</i>

Table 5. Table 5Statistics for genetic differentiation among populations of <i>Houttuynia cordata</i>

Table 5. Table 5Statistics for genetic differentiation among populations of <i>Houttuynia cordata</i>

Table 6. Table 6Analysis of molecular variance （AMOVA） within and among <i>Houttuynia. cordata</i> populations

Table 6. Table 6Analysis of molecular variance （AMOVA） within and among <i>Houttuynia. cordata</i> populations